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核心技術

DEL建庫原理

  • 根據需求選擇結構多樣,新穎的小分子化合物作為建庫的骨架
  • 基于組合化學"Split&Pool"合成思路,選擇合適的建庫試劑與骨架進行連接
  • 每一維試劑與骨架連接后采用已知序列的DNA片段進行分子水平標記

  • 每一個化合物都由一段已知的DNA進行標記,可以得到混合的包含大量化合物的DNA編碼化合物庫
DNA編碼化合物庫是結合組合化學的先進的化學合成概念和DNA技術實現的。在“Split&Pool”的過程中,當每一個化學反應單元(BB1/BB2/BB3…..)增加時,化合物的數量便急劇增加,從而建造億級乃至千億級的巨型化合物庫。在DNA編碼化合物庫中,每一個化合物都由一段已知序列的DNA片段進行分子水平標記。成都先導藥物采用結構多樣的分子作為骨架,合成了結構新穎多樣,具有優秀的潛在成藥性的DNA編碼化合物庫分子。

DEL篩選過程

  • 將整個DNA編碼化合物庫與固化的靶點蛋白進行親和力篩選
  • 洗脫不能與靶點結合的化合物后,對DNA片段進行富集,用DNA測序技術進行解碼

  • 利用計算機進行數據分析,得到化合物結構信息;重新合成不帶dna標簽的活性化合物
  • 經過活性驗證后確定苗頭化合物,將苗頭化合物繼續進行結構優化等階段

篩選原理:親和力篩選。 具體過程:將活性蛋白和DNA編碼化合物庫進行孵育,親和力強的化合物與蛋白結合;親和力弱或不結合的化合物被除去;由于化合物與DNA編碼信息一一對應,可以通過高通量測序技術得到高親和力化合物的結構信息;重新合成不帶DNA標簽的化合物后進行活性驗證及結構優化,得到新藥苗頭化合物。

DEL建庫質量

  • 1化合物庫多樣性
  • 目前,成都先導已建成各類型的DNA編碼化合物庫逾900個。按化合物類型分為:大環化合物庫,天然產物庫,靶點相關化合物庫,肽類似物庫及其他類型庫。其中靶點相關化合物庫(40%)的設計主要集中在傳統篩選技術不易篩選到小分子的靶點(如蛋白蛋白相互作用靶點)。

  • 2化合物庫結構新穎性
  • 隨機從成都先導的DNA編碼化合物庫中挑選1億化合物與傳統的化合庫(ZINC、ChemBL)中100萬化合物進行一對一的結構比較,谷本相似系數分布小于0.6,大部分化合物小于0.3。

  • 3化合物庫類藥性
  • 從成都先導的DNA編碼化合物庫中隨機挑選100萬化合物與DrugBank數據庫[MW≤650 Da]中的已上市和在研化合物從理化性質和分子指紋圖譜進行比較得到上圖。紅色部分表示成都先導的DNA編碼化合物庫的小分子空間分布,藍色區域表示正在進行研究的藥物空間分布,綠色區域表示已經上市的藥物空間分布。

  • 4DNA編碼化合物庫優勢
  • 成都先導的DNA編碼化合物庫選擇具有多樣性及新穎性的化合物作為骨架建造中等大小的化合物庫,合成效率高,分子多樣性好;由于是將活性靶點蛋白和整個化合物庫(億級)同時進行篩選,而非傳統的一對一篩選,降低了篩選時間和花費,提高了篩選效率。

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